中科院的这种分区方式，导致中科院分区中1区和2区的杂志非常少，而汤森路透分区Q1的期刊数量远远多于中科院1区杂志。
因此，会出现有的人发表的文章按汤森路透JCR期刊分区标准算一区，而按中科院分区算二区甚至三区的情况。
不过，这种分区方式非常符合种花家的国情，可以更好的激励科研人员搞科研、发文章的热情。
但同时也会导致一些问题的出现。
比如，某年《中科院文献情报中心期刊分区表》发布后不久，就引发了科研人员的热议。
大部分都是吐槽的，有人还做了一系列表情包：
熊猫人甲：“你今年的科研工作怎么样？”
熊猫人乙：“哎，不怎么样，就发了三篇二区。”
熊猫人甲：“哦，那确实不太好，都是些什么刊物啊？”
熊猫人乙：“《自然·通讯》（NC）、《漂亮国科学院院刊》(PNAS)和《科学·进展》（SA）。”
熊猫人甲：“……！！”
段子只是段子，NC、PNAS、SA这3本期刊的学术水平和影响力不言而喻。
出了这种诡异的分区，中科院分区的“专业性”自然是饱受诟病，比如说，伐南理工大学就表示将改用JCR分区作为期刊分区标准。
当然，中科院这样进行分区，肯定也是有一定依据的。
这3本期刊降档最大的原因，可能还是中科院期刊分区中综合期刊数量少，断档严重。
这几年，分区中的综合大类期刊不到60本，原则上分区按照大类学科中前5%为一区，算下来，综合1区就该有3本，上下浮动不超过1本。
SA虽然是根正苗红的《科学》子刊，但前一年才正式有了影响因子，所以之前中科院期刊分区里也没它。
今年要把它正式列入分区中了，那么问题来了，把它放在哪里呢？
在以前的中科院分区里，综合1区就是“四大金刚”：《自然》、《科学》、NC、PNAS。
SA的出现让中科院期刊分区犯了难，把它放一区吧，超过标准的3个太多；
放二区，它和NC水平差不多，二区SA影响因子比一区的PNAS还高，好像也不太合适。
而且，就算是在一区“四大金刚”里，《自然》、《科学》的水准口碑也是远超PNAS和NC，中间相差了一个段位。
因此
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