许多教徒不堪其苦，就向东逃亡，一部分教徒加入了在中亚的摩尼教团。
摩尼教团的创始人是摩尼的弟子阿莫大师，在中亚地区颇有影响，后来传入中国的明教，实际上就是从中亚的摩尼教团传来。由于早在公元6世纪，摩尼教团就在撒特·奥尔米兹的领导下宣布脱离设在巴比伦的摩尼教总教会，自己组成中亚教团，总部定于撒马尔罕。因此中土的明教与波斯总教几乎没有什么瓜葛，《倚天屠龙记》中明教隶属于波斯总教的说法纯属虚构。
在中亚摩尼教团独立后不久，波斯的摩尼教就迅速走向了灭亡。当时统治波斯的萨珊王朝与拜占庭帝国进行了连年的战争，但并没有征服后者，反而严重削弱了自己的实力，结果萨珊王朝在公元651年被阿拉伯帝国所灭。
阿拉伯帝国占领波斯全境后，全面推行***教，给摩尼教带来了灭顶之灾。中亚的摩尼教团也在***和蒙古势力的夹击下走向灭亡。这样，到元朝末年，在中国秘密存在的明教反而成了唯一兴盛的摩尼教。《倚天屠龙记》中波斯总教兴师动众地到中土寻找圣女，并最后把张无忌的女友小昭接回去当教主的故事，自然没有历史根据。
不过，小昭常唱的小曲“来如流水兮逝如风，不知何处来兮何所终”倒是正宗的舶来品。该曲出自波斯著名哲学家兼诗人莪默·伽亚谟的诗集《鲁拜集》，只是金庸先生多加了两个“兮”字，便生出无限的意蕴。联想到小昭的离别，更是令人不胜嘘唏。金庸也自称：在《倚天屠龙记》的几位女性角色中，比较喜欢小昭。而小说的结局却是把小昭发配到了早已灭亡的波斯，更是令人感慨不已。
明教弟子朱元璋创立明朝，登基之后取缔明教
波斯总教既已灭绝，中土的明教也未能独秀多久。元朝末年可以说是明教最后的风光时期了。一方面，明教的教义被其他秘密宗教如白莲教吸纳并发展；另一方面，明教自身在下层民众和一些知识分子中不断传播。
因为长期处于秘密状态，明教教名也有了多种别称，除浙江称摩尼教、福建称明教外，淮南称二桧子，江东称四果，江西称金刚禅等。明朝的开国皇帝朱元璋实际上就曾加入过明教。《倚天屠龙记》结尾写到：由于朱元璋靠明教起家，因而国号中不得不带一个“明”字。明朝二百多年的历史，均从明教而来。这种说法，虽然有点牵强，但也有一定的历史根据。
更有趣的是，明太祖朱元璋实际上导致了明教的全面衰落。朱元璋在登上九五至尊之后，由于深知秘密教派的厉
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