律实行严刑峻法——弃灰于道者斩，就是说在大街上乱扔垃圾都是死罪，更别说打家劫舍杀人放火了。要是有人敢不告发，腰斩之刑搁那儿等着，总之必须在罪犯和朝廷之间选择一个敬畏的对象。
废除旧世卿世禄制，奖励军功，止私斗，颁布按军功赏赐的二十等爵制度：之前的秦国官职被贵族世家垄断，平民子弟无论立下什么功劳也得不到晋升。秦献公时期开始打破这一传统，但秦献公只是凭借自己的国君之尊偶尔提拔几个自己信任的平民子弟，而没有一明确的官爵晋升制度。商鞅正式建立以军功授爵的制度——平民子弟只要在战场上为国家立下军功即可授予相应的爵位，功劳越大爵位也相应越高；贵族子弟若无军功则不得世袭祖先的爵位。
重农抑商，奖励耕织，特别奖励垦荒；规定生产粮食和布帛多的，可免除本人劳役和赋税，以农业为“本业”，以商业为“末业”，并且限制商人经营的范围，重征商税——按商鞅的理念：秦国只需要两类人——为国征战的战士和为战士提供粮草的农夫，所以要奖励耕种并按粮食产量换算成相应的军功授予爵位。与此同时要对商业贸易征收重税以满足国家征战所需的经费。
焚烧儒家经典，止游宦之民：在商鞅看来儒家和其他百家的经典书籍都是无用之物，六国的游学士子多是虚妄浮夸之人，只会引经据典空谈误国，不能真正埋头苦干。许这些书和人在秦国存在只会削弱秦军的战斗力和秦国的生产力，所以必须严格将这些对秦国有害的书和人绝在秦国之外。所以张仪、吕不韦等人若是在此时入秦，结局一定糟糕，因为此时的秦国最排斥的就是耍嘴皮子的游学士子和生意人。
强制推行个体小家庭制度——凡成年子女强制与父母分家，避免在劳动生产过程中互相依赖进而影响生产效率，扩大了国家赋税和兵徭役来源，为秦国经济实力和军事实力的壮大奠定了坚实的基础。
在完成上述变法后商鞅又开始规划营建秦国的新都城：咸阳位于关中平原中部，北依高原，南临渭河，顺渭河而下可直入黄河，终南山与渭河之间可直通函谷关。为便于向函谷关以东发展，秦孝公于公元前350年命商鞅征调士卒，按照鲁国、卫国的国都规模修筑冀阙宫廷，营造新都，并于次年将国都从栎阳迁至咸阳，同时命商鞅在秦国国内进行第二次变法。第二次变法的主要内容如下：
第一，废除井田制——“开阡陌封疆”，废除奴隶制土地国有制，实行土地私有制，国家承认土地私有，许自由买卖。
第二，
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