北京大学文科研究所恢复后， 傅斯年等人便积极筹划招生工作。
为了使招收研究生有章可循， 傅斯年与副所长郑天挺等商议，专门制定了《国立北京大学文科研究所招考研究生办法》， 对研究生招生数量、专业、考生资格、考试办法、待遇、考试地点、考试时间等都做了明确规定。
按规定报名者必须经过三个审考程序：考生首先提交一篇论文， 审查通过后再参加笔试， 笔试通过后再进行面试， 其中笔试主要考外语和专业课。
从1939年至1941年， 北京大学文科研究所共招考三届学生， 傅斯年对考试相当重视，每次都亲自主持，也相当严格。
北京大学文科研究所1939年第一届研究生共录取10人， 分别是杨志玖、马学良、王明、逯钦立、任继愈、阴法鲁、阎文儒、汪篯、周法高和刘念和。1940年第二届研究生共录取7人， 分别是王玉哲、李埏、刘熊祥、董庶、殷焕先、王叔岷和李孝定。1941年第三届招生共录取5人， 分别是王利器、魏明经、王达津、程溯洛和高华年。
傅斯年主持的招考录取， 有两个鲜明的特点。
其一是录取方式并非单一刻板， 有极大的灵活性。
这一点，在对王利器的招考录取过程中有充分体现。
王利器毕业于四川大学中文系，毕业论文是《风俗通义校注》，在国民党政府举行的第一届全国大学生会考中，该论文得了满分。
听说北京大学文科研究所在重庆招生，他急忙前去应考。由于王利器住在僻远的山区，等赶到重庆时已误了考期。他抱着试一试的想法找到了傅斯年。
傅斯年看了他的《风俗通义校注》后，决定对他单独进行考试，首场考试科目是英语。当时正处在抗日战争最艰苦的时期，敌机时常轰炸重庆。一场英语没考完，警报就响了7次，他们也往防空洞中跑了7次。
在中午吃饭的时候，傅斯年告诉王利器，“你明天回江津去吧，敌机滥炸重庆，很危险，不要考了。我告诉你，你早就取了，还准备给你中英庚款奖学金。你去昆明，还是去李庄？由你选择。昆明有老师，李庄，中央研究院历史语言研究所在那里，有书读。”王利器选择了李庄，直接跟随傅斯年作研究生。
王利器被破格录取， 表明北京大学文科研究所对研究生录取更多的是注重学术研究能力， 而非拘泥于形式。
其二是一视同仁， 绝不偏袒北京大学学生
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