彻底摧毁了他们反抗的心思。不久，兀良哈部的原元辽王、惠宁王、朵颜元帅府相继请求内附，朱元璋大喜，遂于其地设置大宁都司营州诸卫，册封己子朱权为宁王，统领诸卫。然而，实力最为强大的蒙古鞑靼部不断东进侵扰兀良哈部，明朝随即派兵征讨。洪武二十二年，明朝又于兀良哈部所在地设置泰宁、朵颜、福余三卫指挥使司，“俾其头目各自领其众，以为声援。自大宁前抵喜峰口，近宣府，曰朵颜；自锦、义历广宁至辽河，曰泰宁；自黄泥洼逾沈阳、铁岭至开原，曰福余，独朵颜地险而强”。委以阿北失里等兀良哈部首领为各卫指挥使同知，三卫皆隶宁王朱权统领，这样昔日的敌人竟转化为自己的朋友，非但如此，还对自己的同胞下手，可谓是意外的收获。
建文元年，燕王朱棣自北平起兵靖难，欲取代建文帝朱允炆。他担心宁王扰其后方，遂发兵入攻大宁都司，胁迫宁王归顺；又以重金馈赠三卫首领，约定出兵助攻。及燕王启程，宁王召集三卫首领。三卫皆从，一呼而起，跟随宁王西进关内。燕王从三卫将士中精选三千人为奇兵，随其南征。
四年后，燕王统兵攻入南京（今属江苏），称帝，是为明成祖。即遣百户裴牙失里等人返回兀良哈部通报。永乐元年，再遣指挥萧尚都持敕书往谕。燕王称帝后，恐诸王尾大不掉，乃将宁王迁入内地，安置于南昌，又改都司为行都司，迁至保定。因兀良哈三卫在靖难之役中“从战有功”，明成祖把大宁卫之地赐予兀良哈。
永乐二年，兀良哈部首领脱儿火察等二百九十四人随萧尚都返朝，进献良马。明成祖因而命脱儿火察为左军都督府都督佥事，哈儿兀歹为都指挥同知，职掌朵颜卫；安出、土不申同为都指挥佥事，职掌福余卫；忽剌班胡为都指挥佥事，职掌泰宁卫；其余首领各授指挥、千户、百户等官，并赐诰印、冠带、白金、钞币、衣物。此后，兀良哈三卫向明廷朝贡不绝。明成祖亦视兀良哈三卫为外藩，以拱卫京师。“居则侦探，警则捍卫，发给牛具、种、布帛、酒食良厚”。四年冬，因三卫地区饥荒，兀良哈部民请求以马易米，明成祖命官署视马匹优劣，倍价易米，可以说对于兀良哈部的安抚工作，朱元璋与朱棣两代帝王都是做的不错，但终究是墙头草，大明国事一旦弱了下来，兀良哈部骨子里的不安分就显露出来了，恰好此时蒙古鞑靼部势力正盛。慑其兵威，兀良哈部秘密依附鞑靼，开始侵扰明朝北边，且不断假借卖马入明边境侦探虚实。明成祖闻讯，下诏责问，令其以马赎罪。十二年春，明廷于辽东接收兀良哈三
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